Estudantes provenientes de escolas públicas, incluindo pretos, pardos, indígenas, quilombolas e pessoas com deficiência terão direito a 75% das vagas nos cursos de graduação da Unifap. A nova forma na seleção da Universidade será implementada em 2018 e valerá como ingresso em 2019. O Conselho Universitário (Consu) foi o responsável em aprovar a medida do sistema de cotas. A Unifap ainda estuda as possibilidades das vagas serem disponibilizadas integralmente via Sisu ou divididas com a classificação via Enem.
